Maven JAR Plugin을 이용하여 별도로 MANIFEST.MF 파일을 수동으로 지정하기 위해서 다음과 같이 사용할 수 있습니다.

<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
    <version>2.6</version>
    <configuration>
        <archive>
            <index>true</index>
            <manifestFile>src/main/resources/META-INF/MANIFEST.MF</manifestFile>
            <manifest>
                <addDefaultImplementationEntries/>
            </manifest>
        </archive>
    </configuration>
</plugin>